Начало XVI в. Село Подчерково Повельского стана принадлежит известному в Дмитровском княжестве роду Подчертковых. В 1538 году приказом князя Давыда Даниловича Хромого дано вкладом Троице-Сергиеву монастырю. У монастыря за 150 рублей это село купил казначей великого князя Федор Иванович Сукин, но в 1548 году опять его продал монастырю. В селе — церковь Рождества Богородицы. 
Вместо наместника разрешено выбирать излюбленных старост, «которых люди меж собою излюбят и выберут всей землей». Для наблюдения за порядком и безопасностью выбирали губного старосту. С солеварен Кирилло-Белозерского монастыря соль продают в Дмитрове. По словам монастырских властей «они ту соль продают в Дмитрове..., где соль живет поценнее и они тут продают».

1502 г. Великим князем Всея Руси объявлен Василий Иванович.

1503 г. Удельным князем становится сын Ивана Васильевича (Иван III). — Юрий Иванович. Вновь возрастает роль Дмитрова в социально-политической жизни Московской Руси.

1504 г. Между Василием III и дмитровским князем Юрием Ивановичем заключен договор, по которому Юрий обязывался считать Василия господином и «братом старейшим», не вступать во владения великого князя и не принимать к себе на службу князей с их вотчинами. В межевой грамоте упоминается село Гульнево Каменского стана с многочисленными деревнями. В 1566 г. оно становится дворцовым. 
Село Сурмино Вышегородского стана принадлежит Московскому Вознесенскому монастырю. 
Село Ивановское Вышегородского стана на границе Дмитровского княжества принадлежит Ивану Шадру (Вельяминову). 
В 1541 году Василий Иванович Вельяминов продал его в Троице-Сергиев монастырь. Село насчитывало 16 дворов. Деревня Костино Вышегородского стана — вотчина Дмитровского Борисоглебского монастыря.

1505 г. На 67 году жизни 25 октября умер Иван Васильевич (Иван III), прозванный Великим. На престол вступил его сын Василий Иванович (Василий III). По духовной грамоте умершего Великого князя Дмитров назначен сыну Юрию Ивановичу.

1507 г. Первая война Василия III с Литвой. Польские послы, направленные королем Сигизмундом, ведут переговоры с Дмитровским князем Юрием Ивановичем. Просят его содействия в примирении с великим князем Московским и в возвращении отторгнутых Василием III от Литвы западнорусских территорий. В письме Юрию Ивановичу Сигизмунд пытается спровоцировать Дмитровского князя на борьбу с Василием III. Юрию Ивановичу предлагалось, если его устраивает смысл «речей», выслать для скрепления договора посла, «своего человека доброго, сына боярского».

1509 г. Умерщвлен в тюрьме великий князь Дмитрий Иванович (сын Ивана Ивановича Молодого и Елены Волошанки) — внук Ивана III, коронованный дедом в 1498 г., когда ему было пятнадцать лет от роду. Начало строительства каменного Успенского собора в Дмитровском кремле. В постройке принимает участие знаменитый ростовский зодчий Георгий Борисов.

1511 г. Эпидемия — «поветрие во многих городах русских».

1514 г. Село Жестылево Повельского стана на реке Якоть принадлежит дьяку великого князя Семену Дмитриевичу Башенину. Его сын Иван в 1569 году дал закладную на сто рублей на село Жестылево Крутицкому епископу Герману. Затем село перешло в руки царских стремянных конюхов Шишкиных, продавших его царскому крестовому дьяку Андрею Врещевскому. Последний продал сельцо в Троице-Сергиев монастырь в 1578 году за 250 рублей. В селе стоял деревянный храм Пресвятой Богородицы.

1515 г. Обостряется конфликт между Василием III и Дмитровским удельным князем Юрием Ивановичем, который удалось устранить преподобному Иосифу Волоколамскому. Князь Юрий Иванович окружен специальными лазутчиками, в слежке участвуют и собственные боярские дети князя. Двор Дмитровского князя по своему составу и политическому весу настолько внушительный, что Василий III после примирения с братом счел необходимым преподнести подарки и его боярам. 
9 сентября Умер неподобный Иосиф Волоколамский — обличитель «ереси жидовствующих».

1516 г. Голод в Московском и Дмитровском княжествах. Деревня Кузяева Вышегородского стана по завещанию казначея великого князя Василия III боярина Головы подарена Дмитровскому Борисоглебскому монастырю.

1517 г. Возобновление войны с Литвой. Село Пересветово Повельского стана принадлежит известному в Дмитровском княжестве роду Пересветовых. Василий Иванович Пересветов был послом князя Юрия Ивановича к митрополиту Даниилу. В 1574 г. Михаил Иванович Пересветов продал «свою старинную вотчину» Троице-Сергиеву монастырю. В селе был храм, двор боярский и хоромы на дворе. Село Татищеве Повельского стана принадлежит братьям Пересветовым, с которыми Татищевы были в родстве. 
Дмитров становится важным торговым центром Руси. «А кто приедет, из всех городов и из волостей московской земли и новгородец, и псковитянин, и тверин, и казанец, и рязанец и иноземец всякой, в повозке к г. Дмитрову и сколько будет в повозке во дне досок и наместнику с доски данные по алтыну..., а придет иногордец в лодке и будет лодка с набои, и наместнику имати с лодки по алтыну, а кто придет в Дмитров торговати из всех городов из волостей Московской земли, и 
таможникам у них имати с рубля по три деньги». 
Юрий Иванович стал инициатором «открытия» мощей чудотворца Макария Калязинского, он причастен к созданию Жития Макария — «удельного святого».

1524 г. 2 марта «Пытал (расспраши вал — И.К.) князь Юрий Иванович Сретенские старицы Ефросиний Васильевской, жена Кожина, о житии преподобного Макария Чудотворца, от каковых родителей родися и каково бысть житие его». 
Голодный год. «Бысть засуха велика и мгла бысть велика четыре недели: солнца и луны не видеша». 
В Пятницком монастыре в Дмитрове возводится церковь Параскевы Пятницы. Спустя несколько лет по слухам в этот монастырь будет направлена жена Ивана Грозного — Евникия, постриженная в монахини под именем Евдокия. По преданию в церкви находилась гробница монахини Евникии, под церковью находилась надгробная плита с ее именем. 
В ночь на 26 августа у 1530 г. Василия Ш и Елены Глинской родился сын — будущий царь Иван Грозный. По преданию по русской земле прокатился гром, молния блеснула, земля поколебалась. 
Дмитровский князь Юрий Иванович, выкупив у Болотниковых село Внуково, подарил его в Макариев Калязйн монастырь. 
В XVI веке село носило двойное название — Елпатьевского и Внукова. Одно название идет от фамилии Внуковых, а другое от церкви Ипатия Чудотворца, стоявшей на старом церковном месте.

1533 г. Окончено строительство каменного Успенского собора в Дмитровском кремле. В конструкцию собора вошли остатки стен и подклет более раннего каменного здания, построенного еще в княжение Петра Дмитриевича (1389—1428). Князь Юрий Иванович подарил Турбичево Каменского стана Дмитровскому Борисоглебскому монастырю. 
Для Дмитровского Пятницкого монастыря «на торгу» написана житийная икона «Параскевы Пятницы». 
Великий князь Василий III пожаловал Юрию Васильевичу Кокошкину «сельцо Перемилово у Дмитрова на посаде на реке Яхроме». В селе была ветхая развалившаяся церковь Архистратига Михаила. По духовной грамоте Дмитровского князя Юрия Ивановича сельцо Афанасово Повельского стана на реке Яхроме принадлежит Борисоглебскому монастырю. 
По переписной книге 1628/29 года — Афанасово на реке Яхроме с мелничным мостом.

1533 г. 4 декабря Приняв схему умер Василий III. Правительницей Московской Руси стала Елена Глинская. Елена Глинская с боярами обвинили Дмитровского князя Юрия Ивановича в мятежных замыслах, князь пойман и заключен в темницу.«... бояре князя Юрия изымаша декабря в 11 день в четверток и посадища его в палати на дворце, за сторожи, и его бояр». 
После расправы с Юрием Ивановичем Дмитров окончательно перешел во владение Москвы, официально владеет городом сын Елены — князь Иван Васильевич (Грозный). Торговое значение Дмитрова сохранилось.

1535 г. Денежная реформа Запрещены в обращение поддельные и резанные деньги. Появление «копейных денег», на которых великий князь изображался не с мячом, а с копьем в руке.

1536 г. Проведя в заточении почти три года, умер голодной смертью Дмитровский князь Юрий Иванович и погребен в Архангельском соборе Кремля, где хоронили опальных князей, «августа 3, в четверг, в третий час преставился князь Юрий Иванович, страдальческой смертью, гладкою нужею и положен в Архангеле в Москве».

1537 г. На территории Борисоглебского монастыря возводится каменное здание Борисоглебского собора.

1538 г. Согласно древним актам Спиридово-Каменского стана принадлежит Троице-Сергиеву монастырю. Деревня Горицы Каменского стана, насчитывающая 16 дворов, принадлежит Троице-Сергиеву монастырю. Село Лучинское, имевшее 7 дворов, принадлежит Троице-Сергиеву монастырю. Деревня Сысоева Каменского стана, насчитывающая 16 дворов, принадлежит Троице-Сергиеву монастырю. 
3 апреля. Умерла правителъница Елена Глинская. По слухам ее отравили.

1542 г. Сельцо Говейново Повельского стана принадлежит Пешношскому монастырю. В сельце церковь Рождества Пресвятой Богородицы. В древних актах упоминается, что село подарено монастырю князем Петром Дмитриевичем еще до 1428 года.

1544 г. Село Подмошье Каменского стана вотчина Московского Вознесенского монастыря.

1547 г. 16 января Митрополит Макарий в Успенском соборе Московского Кремля венчал на царство шапкою, бармами и цепью Мономаха Ивана IV Васильевича (Грозного). 
28 апреля Царь Иван Васильевич выдал грамоту Николо-Пешношскому монастырю, по которой получена свобода от некоторых пошлин и повинностей, право не подлежать суду местного начальства ни в каких случаях, кроме уголовных. 
3 июня Москва провозглашена царствующим градом, страна — царством. 
20 июня Василий Блаженный напророчил предстоящий великий пожар. 
21 июня. Страшный пожар в Москве. В огне погибло около двух тысяч жителей. Для временного украшения кремлевских зданий пострадавших от пожара были взяты иконы из Дмитровских соборов и монастырей. Иван IV Васильевич подарил Фофаново и деревню Глазачево Повельского стана князю Михаилу Ивановичу Кубенскому в числе «сокольничя пути» деревень. Сельцо Базарово Вышегородского стана принадлежит Пешношскому монастырю. 
Царем Иваном Васильевичем село Куликово пожаловано князю Михаилу Ивановичу Кубенскому. Год спустя по духовной грамоте М. И. Кубенского оно перешло во владение Кирилло-Белозерского монастыря. В Куликове была церковь Покрова. Село Новоселки Каменского стана принадлежит Пешношскому монастырю. Древние акты свидетельствуют, что село подарил Дмитровский князь Петр Дмитриевич еще до 1428 года.

1548 г. Семен Михайлович Елизаров продал «вотчинное село Торговцево» Повельского стана боярину Федору Ивановичу Сукину за 150 рублей. Затем оно перешло к его племяннику Григорию Ивановичу Заболоцкому.

Середина XVI в. Дмитров получает значение главного торгового центра, чему способствовало его положение на реке Яхроме, связанной с бассейном Волги. Через Дмитров из Новгородского Тихвина заморские товары шли для передачи в Москву. Особенно город славится рыбной торговлей. «... коли пошлют из монастыря в Дмитров рыбу купити или иного чего-нибудь, а из Дмитрова пошлют в лодках рекою Яхромою, да Сестрою, да Дубною до Волги, а Волгою вниз до устья до Шехонского и в Шексну рыбы купити, а в лодке 100 четвертей ржи, да 30 пудов соли и таможники и мытчики тамги и мыта и иных некоторых пошлин с них не емлют».

1550 г. Первый земский Собор утвердил Судебник Ивана IV. Дмитрий Ильич Хлестаков продал деревню Старово на реке Веле Василию Третьякову, сыну Дурову.

1551 г. Село Ольявидово принадлежит Ивану Федоровичу Воронцову. Род его идет от дворецкого Дмитровского князя Юрия Ивановича — Василия Константиновича Вельяминова. Дочь Полиевкта Васильевна Вельяминова была замужем за Дмитровским князем Петром Дмитриевичем. Василий Федорович Воронцов продал в 1572 году Ольявидо вместе с деревнями Троице-Сергиеву монастырю за 700 рублей и «с мельницею и с рыбною ловлею». В селе было 14 крестьянских дворов, деревянная шатровая церковь святой Троицы.

1553 г. Исполняя обед, данный во время болезни, Иван IV Васильевич отправился на богомолье в Кирилло-Белозерский монастырь, воспользовавшись дорогой через Дмитров как наиболее удобной. Его путь лежал по реке Яхроме в Дубну, оттуда в Волгу, затем Шексною вверх к Белоозеру. Иван Грозный побывал в Медведевой пустыни и беседовал в Николо-Пешношском монастыре с Вассианом Топорковым. Позже в память о своем посещении, царь сделал значительные вклады в оба монастыря. К этому времени относится строительство ряда каменных построек в обоих монастырях. Во время поездки Ивана Грозного умер его сын Дмитрий.

1562 г. «Сельцо Целеево» Вышегородского стана — старинная вотчина Никиты Ивановича Ласкирева. Усть-Пристань Повельского стана принадлежит Медведевой пустыни. По приправочным книгам село Ассаурово Вышегородского стана принадлежит Московскому Новодевичьему монастырю. Село Пантилеево Повельского стана принадлежит Медведевой пустыни. В нем был монастырский двор, 4 крестьянских двора и 7 дворов непашенных. По писцовым книгам сельцо Бешенково Повельского стана принадлежит Андроникову монастырю в Москве. Деревня Борцово Повельского стана принадлежавшая Медведевой Пустыни, насчитывает 11 дворов. 
Сельцо Васнецово Каменского стана принадлежит Медведевой пустыни, насчитывает 11 крестьянских дворов, 13 непашенных дворов и монашеский двор. 
По приправочным книгам сельцо Высоково Вышегородского стана принадлежит Еремею Кирилловичу Мунину — «старинная вотчина, что наперед того была за Василием Григорьевичем Муниным». 
Сельцо Григорково Повельского стана по приправочным книгам принадлежит соборной церкви Пречистой Богородицы в Дмитрове, недалеко был погост на реке Якоть. 
По приправочным книгам село Кикино Повельского стана принадлежит Кириллу и Федору Воронцовым-Вельяминовым, «отца их старинная вотчина». В роду Вельяминовых оставалась до 1753 года. Деревня Куминово, насчитывающая 3 двора, принадлежит Медведевой пустыне. Деревня Липина Повельского стана на реке Сестре принадлежит Медведевой пустыни.

1563 г. Село Борисово Повельского стана принадлежит Чудову монастырю. «... а писана та Чудова монастыря вотчина, село Борисовское — по царя и великого князя Ивана Васильевича всея Руси, жалованной грамоте 63 году». II половина «Село Игнатовское XVI в. (Игнатово) Вышегородского стана с реками и с пруды, и с лесы из болоты, и с мельницами, и слуги, и с пожнями, и с всеми угодьи митрополичи всея Руси из старины».

1564 г. 3 декабря. Иван IV уехал в Александровскую слободу, забрав с собою казну и ближайшее окружение.

1565 г. 3 января. Иван Грозный прислал из Александровской слободы митрополиту список измен боярских, совершенных еще до его совершеннолетия. Одновременно послана грамота ко всем православным христианам, что гнева на них и никакой опалы нет. Духовенство и бояре явившись в Александровскую слободу объявили о своем решении: пусть царь правит, как ему угодно, только бы снова взял в руки правление. Иван IV принял челобитную и вернулся в Москву. Начало опричнины. Казнь бояр. Село Языково принадлежит Марии Жуковой с ее внучатами. Моровое поветрие, от которого «все церкви два года были без пения». После мора Дмитровское княжество сильно обезлюдело и два года служба в церквах не велась.

1566 г. Село Льгово (Ольгово) в Каменском стане — дворцовое. В начале XVII века «село Льгово на пруде» принадлежало Федору Васильевичу Чаплину «за московское осадное сиденье королевичева приходу». Князь Владимир Иванович Старицкий, двоюродный брат Ивана IV вынужден был обменяться с царем, отдав ему Звенигород и Старицу, получив взамен Дмитров. 
С 1566 г. Владимир Андреевич живет в Дмитрове. 
Село Волженское Каменского стана — дворцовое, в первой половине XVII века стало вотчиной боярина Бориса Михайловича Салтыкова. Получено им от государя «за московское осадное сиденье королевичеву приходу». В роду Салтыковых оставалось до середины XVIII в. Село Подлипечье Повельского стана было дворцовым, в первой половине XVII века после Смуты стало пустошью. Первое летописное упоминание села Андреевского Каменского стана. В первой половине XVII века отдано Михаилу Михайловичу Салтыкову «за осадное сиденье королевичева прихода». В роде Салтыковых удержалось до 1791 года. Село Семеновское Каменского стана — дворцовое. Позже принадлежит Михаилу Ивановичу Щепкину, Василию Матвеевичу Тыртову и Михаилу Ивановичу Толстому.

1569 г. Казнен с женой и детьми Дмитровский князь Владимир Старицкий — двоюродный брат царя Ивана IV Грозного. Дмитров с уездом отнесен к числу городов, взятых в опричнину, в дворцовое управление, поскольку с его населения и рынков поступали богатые сборы в опричную казну. (Опричнина (1565—1572 гг.) — удел Ивана Грозного с особой территорией, войском и государственным аппаратом. — И. К.). Дмитров навсегда отошел к Москве, закончился 415-летний период его удельной истории.

1569—1572 гг. Исконные владельцы Дмитровской удельной земли Иваном IV Грозным были частью казнены, частью сорваны со старых мест и развеяны по новым далеким и чужеродным для них местам, другие введены в новую опричную службу.

1570 г. Деревня Насадкино Повельского стана — поместье Григория Унковского, шесть лет спустя перешло во владение Григория Михайловича Ельчанинова. Василий Федорович Воронцов продал деревню Слободищи, насчитывающую 7 дворов, Троице-Сергиеву монастырю. Деревня Тимошкино на реке Шибахте, насчитывающая 8 дворов, передана Василием Федоровичем Вельяминовым в Троице-Сергиев монастырь. 
Деревня Карцево Повельского стана продана Василием Федоровичем Вельяминовым Троице-Сергиеву монастырю. В деревне— 8 дворов.

1573 г. Эпидемия моровой язвы. Царь Иван IV Грозныи пожаловал Дмитров Василию — сыну Владимира Старицкого, казненного в 1569 году. Однако через год «князя Василия Володимировича не стало». Окончательно завершился удельный период истории Дмитрова, совпавший с ростом его хозяйственной и культурной роли в жизни Московской Руси.

1576 г. Село Ильинское Повельского стана на реке Яхроме продано Иокимом Богдановичем Ивановым Троице-Сергиеву монастырю. В селе был храм. В припадке гнева Иван Грозный убил своего старшего сына Ивана, требовавшего помочь Пскову, осажденному польским королем Стефаном Баторием.

1582 г. Введение Григорианского календаря. 5 октября 1582 года предписано считать 15 октября.

1584 г. 18 марта. Собравшись поиграть в шашки умер Иван Васильевич Грозный. Большой пожар в Николо-Пешношском монастыре. 
31 мая. На царство венчался Федор Иванович. Учреждено патриаршество. 
25 января в Успенском соборе Кремля посвящен первый русский патриарх Иов.

1591 г. В Угличе 15 мая убит царевич Дмитрии.